宋慈到廣州后，由于沒日沒夜地工作，終于積勞成疾。但他對一切公務，仍然親自審察，一絲不茍。

一天，廣東學官舉行新生入學祭祀先圣先師的典禮，依慣例應由廣東最高軍政長官主持，宋慈應邀出席。因宋慈有病在身，屬下建議他委派別的官員代理，可他不顧身體不適，堅持前往。一天下來，宋慈覺得疲乏不堪，回來后就臥床不起。淳佑九年三月初七，宋慈在廣州官署病逝，享年64歲。

在去世前一天，宋慈在病床上翻看了《洗冤集錄》。當他看到自己在序言中寫的“各位賢良官員，如果在自己所見所聞以及親身參與辦理的案子中，發現有與本書中列舉的審理勘查方法及案例不同的情況，懇請費神以片紙記錄下來，惠賜于我，以便我把遺漏的案例增補進去。宋慈再拜稟告”，不由一聲長嘆。因為他預感到自己的生命即將走到終點，已經沒有時間再增補《洗冤集錄》了。

隨后，宋慈又翻讀了諸葛亮的《后出師表》。《后出師表》作于第一次北伐失敗之后，大臣們對諸葛亮再次北伐很有意見。諸葛亮分析了漢賊不兩立和敵強我弱的嚴峻事實，向后主（劉禪）闡明北伐不僅是為實現先帝（劉備）的遺愿，也是為了蜀漢的生死存亡，不能因“議者”的不同看法而有所動搖。《后出師表》的最后一段是：最難于判斷的，是戰事。當初先帝兵敗于楚地，曹操拍手稱快，以為天下已經平定了。但是，后來先帝東面與孫吳連和，西面取得了巴蜀之地，出兵北伐，夏侯淵掉了腦袋；這是曹操未曾想到的。而復興漢室的大業快要成功時，孫吳違背盟約，關羽戰敗被殺，先帝又在秭歸遭到挫敗，曹丕就此稱帝。所有的事都是這樣，很難預料。臣所能做到的，就是竭盡全力，小心謹慎地為國辦事，直到死為止。至于北伐戰事最終成敗如何，是順利還是不順利，那就不是臣的智慧能預見的。

當宋慈讀到“臣鞠躬盡瘁，死而后已”這句時，不由淚流滿面。在宋慈眼里，諸葛亮是“千古第一臣”，他的治國業績、非凡才能和高風亮節的道德操守非常完美地滿足了儒家所追求的修身、齊家、治國、平天下的理想，是自己的偶像。面對類似于當年蜀國、處于風雨飄搖中的南宋王朝，宋慈深知已經很難挽救了。多年來，他四處伸張正義，洗冤禁暴，關心民苦，也是竭盡全力了。如今，他自知時日不多，所以讀來不勝傷感。

第二天，宋慈溘然長逝。

由于宋慈對國家忠心耿耿，鞠躬盡瘁，所以宋理宗稱他為“中外分憂之臣”，并親自為他書寫墓碑，憑吊他功績卓著的一生。

第二年（淳佑十年，1250年）七月十五日，宋慈歸葬建陽雒田里（今崇雒鄉）昌茂坊。(完)梁杰