但是十三經的文本，很少是孔子所定的文本，不少漢人所認為傳的都是戰國或漢初人的著作，就是五經的文本，在秦始皇焚書時散失無存，是漢初學者憑自己記憶編寫出來的，而今所傳的文本，又有許多經過后人改編而成，所以，經書的來源雖然遠古，但它遠不是原來的面目了。

為了匡正書義，朱子繼承周敦頤、二程、張載、游酢、李侗等人思想，把《論語》《孟子》連同從《禮記》中分出來的《中庸》《大學》兩篇，加以注釋，號為四書。宋理宗以后，朝廷明令，以朱子解釋為標準，此后，朱子《四書集注》成為讀書人必讀之書，元、明、清的人先讀四書，后讀五經，五經可以專習其中一種，四書則必須統統學習。

朱子以儒家政治倫理哲學為中心，吸取佛、道哲學思辯成果，健全完善理本體論，闡發義理之奧，建立一個精致、富于理性思辨的理學體系，把理作為最高的哲學范疇。認為萬物皆有理。認為理寓于事物之中，主張理未嘗離乎氣，有理而無氣，則理無所立。在總理和萬理的關系上，朱子提出理一分殊的命題，理一和分殊之間存在著互相聯系和依賴關系。

朱子提倡格物致知，強調知先行后；格物致知是窮天理，明人倫，講圣言，通事故。天理即仁、義、禮、智、信，道德、人倫、圣言、事故是天理的闡發應用。而窮理的方法則是學、問、思、辨等形式，是一個由淺入深的過程，學與問是聞見功夫，通過讀書論學，評論古今人物，應事接物等途徑去認識物理。其次，思辨工夫，朱子主張沉思，潛思，反復推究，觸類旁通，分析類推，達到內心豁然貫通，窮盡天下之理的目的。在道德修養上，朱子提出存天理、滅人欲的主張，天理是仁、義、禮、智、信，而人欲是受物欲迷惑而產生的私欲；和人的正常欲望不同，反對過欲縱欲。朱子建立一個博大精深的哲學體系，朱子的學說，致廣大、盡精微，綜羅百代，集諸儒之大成者。

朱子學說歷經元、明、清三代，各個王朝將其定為指導思想，從元朝開始，朱子的《四書集注》被指定為科舉考試依據。他的言論幾乎成為判斷是非善惡的標準，因此，朱子后八百年儒家思想，實際上就是朱子的理學思想，稱為新儒學。

朱子思想對后世影響很大，朱子去世后，其弟子門生，又不斷完善其理學學說，如黃榦、蔡沈、李燔、陳淳、真德秀、劉爚、輔廣、熊禾等人，將朱子學說推廣，普及遍及天下，至元、明、清三代，朱子思想不斷發揚光大，名家輩出，占據主流思想。

上世紀，朱子思想一度消沉。如今，隨著人們對朱子思想重新審視，朱子思想重放光芒，其內在精華與文化思想教育引導價值，逐漸引起重視，而朱子思想也跨越國門，在世界各地蔓延開來，成為世界各地研究中華燦爛文明的主要一部分。